Bgrun is program to put linkage analysis on background easy way and after that it's safe to logout without fearing that analysis will be canceled.
Command:
bgrun [OPTION] [PROGRAM] [ARGUMENT]...
% bgrun
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# Program : bgrun.sh - Batch script for linkage analysis runs #
# Version : 2.0 #
# Date : 6.7.2004 #
# Author : Tero Hiekkalinna #
# Email : Tero Hiekkalinna@Helsinki.FI (tero hiekkalinna@ktl.fi) #
# #
# COPYRIGHT (c) Tero Hiekkalinna 1998-2004 #
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Error: No program specified?
Usage: bgrun program/script name]...
bgrun -n [run_name] [program/script name]...
-n [run_name] Specify name for the background run
%
You can specify name for to run with -n option:
bgrun -n merlin_chr_1-5_BMI automerlin.sh --cov --sex --chr 1 5
Example of submitting pseudomarker to background, type bgrun and after that normal program commands and arguments:
% bgrun pseudomarker -d
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# Program : bgrun.sh - Batch script for linkage analysis runs #
# Version : 2.0 #
# Date : 6.7.2004 #
# Author : Tero Hiekkalinna #
# Email : Tero Hiekkalinna@Helsinki.FI (tero hiekkalinna@ktl.fi) #
# #
# COPYRIGHT (c) Tero Hiekkalinna 1998-2004 #
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Do you want run program/script "pseudomarker -d" as a batch job?
[ 1 = YES or 0 = NO ]
1
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# Process info #
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Batch process id : 16237
Batch name : 16237.pseudomarker
Batch output file name : 16237.pseudomarker.out
Batch mail file name : 16237.pseudomarker.mail.txt
################################################################################
Job submitted...check 16237.pseudomarker.out for status of run.
You will get email when it's done. Your email address is tjuu@ktl.fi
%
Batch process id is unique ID for your batch run. You can check/delete your run using that process ID.
Example of email when run is finnished:
################################################################################ # Batch run on Shadow Linux Cluster # ################################################################################ Precess ID : 16237 Batch name : 16237.pseudomarker Batch output file name : 16237.pseudomarker.out Batch mail file name : 16237.pseudomarker.mail.txt Command : pseudomarker -d Directory : /home/tjuu/omat/test/sample Started : 12:01:01 06-07-2004 Finished : 12:02:02 06-07-2004
Tero Hiekkalinna